Ввиду того, что острова, на которых расположена Япония, имеют большую протяженность с севера на юг, то в пределах ее территории существуют большие климатические различия. В целом климат Японии влажный, морской. Общее годовое количество осадков колеблется от 1000 мм на востоке Хоккайдо до 3800 мм на некоторых хребтах центрального Хонсю. Число дней с жидкими осадками варьирует от 130 в некоторых местностях южной Японии до 235 на северо-западе Хонсю.
Снегопады бывают на всей территории Японии, но на юге — всего несколько дней, а на северо-западе страны — в течение 95 дней. За это время формируется снежный покров мощностью до 4,5 м.
Низменности Кюсю, Сикоку, южных и восточных побережий Хонсю вплоть до равнины Канто характеризуются субтропическим климатом, тогда как в горах более прохладно. Низменностям северного Хонсю и Хоккайдо присущи более контрастные климатические условия с холодной зимой и коротким летом, а в горах этих районов климат имеет сходство с субарктическим. В других частях страны прослеживаются различные вариации климата в зависимости от особенностей рельефа, особенно экспозиции склонов.
Зимой Япония находится под влиянием восточных муссонов — потоков холодного континентального воздуха с сильными штормами, перемещающихся на восток. Летом проявляется воздействие более слабых северо-западных муссонов -потоков теплого тихоокеанского воздуха. Летние штормы обычно не очень сильные и поражают только северную Японию, но тайфуны проносятся над тихоокеанским побережьем Хонсю, Сикоку и Кюсю и летом и осенью. Во многих районах южной Японии во время дождливого сезона (бай-у) с середины июня до середины июля нередко выпадает большая часть годовой нормы жидких осадков, тогда как для Хонсю и Хоккайдо характерны зимние дожди и снегопады.
Климат южных горных районов сопоставим с климатом северных равнин. Вегетационный период продолжается 250 дней на равнинах южного Кюсю, 215 — на равнине Канто и в горах Кюсю, 175 — на берегах Хонсю, 155 — в Японских Альпах и на западном побережье Хоккайдо и 125 — на северном побережье Хоккайдо.
