Подавляющее большинство жителей страны говорят на японском языке. Он не имеет точных аналогов среди других языков, ближе к алтайской семье языков, обладает оригинальной письменностью, сочетающей идеографию и слоговую фонографию. Японский язык, как и китайский, построен на иероглифической основе, письменность заимствована в 5-6 вв. в Китае. В 10 в. была создана собственная слоговая азбука — кана, состоящая из двух фонетических разновидностей — хирагана и катакана. Обычно корни слов записываются иероглифами, а при помощи кана — служебные глаголы, окончания знаменательных глаголов и грамматические частицы. Слова, для которых нет китайских иероглифов, на письме выражаются также с использованием кана. Язык постоянно пополняется большим количеством иностранных слов, главным образом английских.
Также в Японии используются латиница и арабские цифры. На рюкюских языках, которые принадлежат к семье японо-рюкюских языков, говорят в Окинаве, но лишь немногие учат их. Айнский язык относится к неблагополучным языкам. Его знают только стареющие жители Хоккайдо. В большинстве частных и государственных школ ученики учат японский и английский языки.